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南通市妇幼保健院始建于1983年，前身是南通市妇产科医院，1999年与南通市妇幼保健所合署办公，2002年更名为南通市妇幼保健院，目前医院是南通市唯一一家三级甲等妇幼保健院。2015年，医院增挂南通市儿童医院牌子。2020年，作为市政府为民办实事项目，儿童综合大楼开工建设，并于2024年4月正式投入使用。

医院坐落于南通市新城区，毗邻南通市行政中心。医院占地面积68786平方米，总建筑面积125933平方米，总编制床位1090张，一期编制床位600张，二期儿童医院编制床位490张。医院设有27个临床保健医技一级科室及20个住院病区。医院现拥有国家级首批特色建设单位2个（婚前保健、孕前保健），江苏省第三周期妇幼保健重点学科1个、江苏省省级临床重点专科建设单位1个、市级临床重点专科16个、“十四五”市临床医学中心（创新平台）1个、市级重点学科2个、市级重点学科（建设单位）2个。医院为国家级首批婴幼儿照护中心规范基地、国家级妇产介入标准化培训基地、江苏省新生儿疾病筛查南通分中心、江苏省产前诊断筛查南通分中心、江苏省首批产后康复培训基地、江苏省首批儿童早期发展基地、江苏省首批新生儿保健特色专科建设单位、江苏省新生儿危急重症救治中心、南通市孕产妇危急重症救治中心、南通市母婴专科护士培训基地、南通市助产专科护士培训基地、南通市儿童危重症专科护士培训基地。

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医院现有职工近1200名，拥有研究生以上学历262名，高级职称人员287名，包括享受国务院政府特殊津贴专家、省“333”、市“226”重点人才、硕士生导师、南通大学兼职教授以及担任省市医学专业委员会主任委员、副主任委员共50余名。在近三年公布的国家公立医院绩效考核中排名稳居全国妇产类医院第一方阵。医院正积极适应高质量发展新常态，抢抓高质量发展新机遇，竭力打造省内领先、国内知名、国际接轨的高水平三级甲等妇幼保健院和长三角北翼区域性妇女儿童健康中心。

近年来，医院先后获得国家级爱婴医院、“江苏省文明单位”“江苏省平安示范医院”“江苏省巾帼建功先进集体”“江苏省母婴友好医院”“江苏省母婴安全优质服务示范单位”“江苏省卫生健康系统先进集体”“江苏省健康促进医院”“中国医疗机构互联网品牌影响力江苏省医疗机构二十强”等省级以上荣誉。