南通市妇幼保健院始建于1983年，前身是南通市妇产科医院，1999年与南通市妇幼保健所合署办公，2002年更名为南通市妇幼保健院，目前医院是南通市唯一一家三级甲等妇幼保健院。2015年，医院增挂南通市儿童医院牌子。2020年，作为市政府为民办实事项目，儿童综合大楼开工建设，并于2024年4月正式投入使用。

医院坐落于南通市新城区，毗邻南通市行政中心。医院占地面积68786平方米，总建筑面积125933平方米，总编制床位1090张，一期编制床位600张，二期儿童医院编制床位490张。医院设有27个临床保健医技一级科室及28个住院病区。医院现拥有国家级首批特色建设单位2个（婚前保健、孕前保健），江苏省第三周期妇幼保健重点学科1个、江苏省省级临床重点专科建设单位1个、市级临床重点专科16个、“十四五”市临床医学中心（创新平台）1个、市级重点学科2个、市级重点学科（建设单位）2个。医院为国家级首批婴幼儿照护中心规范基地、国家级妇产介入标准化培训基地、江苏省新生儿疾病筛查南通分中心、江苏省产前诊断筛查南通分中心、江苏省首批产后康复培训基地、江苏省首批儿童早期发展基地、江苏省首批新生儿保健特色专科建设单位、江苏省新生儿危急重症救治中心、南通市孕产妇危急重症救治中心、南通市母婴专科护士培训基地、南通市助产专科护士培训基地、南通市儿童危重症专科护士培训基地。